Hatte vor kurzem auch das selbe Problem mit Wasser im Kofferraum. Das war so extrem das sich sogar die Rückbank vollgesaugt hat.
Bei meinem lags an den Rückleuchten, was ich Anfangs auch nicht glaubte. Lag nicht an der Dichtung, sondern an den Befestigungsschrauben. Da hatte der Vorgänger mal die Rückleuchten demontiert und den dritten Gewindebolzen ausgerissen, weil man den nicht gleich sieht und einfach nix mehr rein gemacht. Da kam dann das Wasser rein.
Wünsch Dir viel Erfolg bei der Fehlersuche!
Mfg
