Setz mal durchsichtige Plastikröhrchen in die Leitungen zwischen Kraftstofffilter und Einspritzsystem (Vorlauf und Rücklauf). Im Vorlauf hatten das früher viele Dieselautos. Da kann man sehen, ob beim Stehen Luft gesaugt wird und Diesel zurück in den Tank fließt, somit die Einspritzpumpe(n) leer sind. Der Befund, dass das Problem bei leerem Tank (= größere Höhendifferenz) ausgeprägter ist, ist ein Indiz für Luftsaugen. Wenn die Einspritzpumpe leer ist, dann dauert es, bis der Wagen wieder anspringt. Bei meinem AXR läuft die Kraftstoffpumpe an, wenn man den Schlüssel auf "Zündung" stellt, damit füllt man das Kraftstoffsystem. Probier mal aus, ob das die Startzeit verkürzt. Wenn ja, wird es Luftsaugen sein.
Typische Schwachstelle waren immer die Dichtungen des Knackfroschs (Umschaltventil auf dem Filter). Die würde ich nur von VW oder von Mann (bei Filterwechsel) kaufen. Die undichte Stelle kann aber auch woanders sein, muss aber in jedem Fall über Tankhöhe sein, sonst läuft nichts leer.