Hallo Quattro1608,
die Drosselklappe muss u.a. nach Austausch beim AGZ angelernt werden, damit das MSG die neue Position der Drosselklappe korrekt erkennt und die Gemischaufbereitung passt.
Hast Du zudem mal die Unterdruckleitungen auf Dichtigkeit überprüft? Nicht, dass er Nebenluft zieht und dadurch die Drehzahlschwankungen entstehen indem immer wieder nachreguliert wird..
Bei meinem vorigen Passat (VR5) hatte ich ein ähnliches wie von Dir beschriebenes Verhalten durch einen defekten LMM, nach Austausch lief er wieder wie eine 1.
MSG halte ich erstmal für unwahrscheinlich.
Viele Grüße und Erfolg
Marc