...da fällt mir noch was ein zu Deinem Problem mit der "aufliegenden Scheibe". Allerdings muß dafür auch die Türverkleidung weg und die große Kunststoffabdeckung aus der Tür genommen werden, um Zugriff zu den Fensterschienen zu haben.
Auf den Bildern sieht man zum einen das gesamte Bowdenzugsystem des Fensterhebers. Auf dem anderen Bild siehst du die Gußhalterung, die an der schwarzen Schiene entlangläuft. Wenn Du durch die ovale Öffnung im schwarzen Blech guckst, siehst Du die Torx-Schraube, mit der Du Neigung Hinten/Vorne verstellen kannst. Demnach kippt Deine Scheibe nach vorne, wenn Du die hintere Klemme etwas nach oben schraubst. Dann überlappt die Scheibe auch nicht mehr die hintere.
Die richtige Einstellung siehst Du, wenn Du Dir die Oberkante der Scheibe von außen anschaust; dort sind kleine schwarze Striche auf der Scheibe aufgebracht, die den korrekten Abschluß zum Türgummi markieren. Am besten mit der Scheibe auf der anderen Seite vergleichen, wenn diese noch original eingestellt ist. Klingt kompliziert, aber man kann sich da reinfuchsen.