Update: habe gestern in einer anderen Werkstatt das Hitzeschutzblech tauschen lassen.
Das Ergebniss: Alle störenden Geräusche sind verschwunden...
Ich vermute auch mal das das Getriebe nicht so stark beschädigt war, das es getauscht werden musste, aber in dem Gebiet kenne ich mich nicht gut aus.
Nächstes mal lieber gleich in ne "vernünftige" Werkstatt, wobei ich mir vom Skoda Händler doch etwas mehr erwartet hätte.