Klackern im Stand hatte ich bei meinem S3 auch - und auch die gleichen Überlegungen wie hier.
Dann war bei meinem mal wieder ein Reifenwechsel hinten fällig, wozu ja bekannterweise der Auspuff ab muss.
Beim abbauen des Schalldämpfers bin ich dann zufällig auf die Ursache des Klackerns gestoßen.
Tip: Überprüfe mal die Gummilager an den 3 Schraubverbindungen vom Schalldämpfer. Die waren bei mir komplett ausgeschlagen und das Gummi so gut wie nicht mehr vorhanden - die Lagerhülsen schlackerten also hin und her - deshalb bei bestimmten Drehzahlen dieses Klackern. Habe die Lagerhülsen dann zentriert und das fehlende Gummi mit einer Heißklebepistole wieder aufgefüllt, da ich keine Quelle gefunden habe, wo man die Gummilager bekommt.
Das Problem ist erst mal gelöst - solange der Heißkleber bei den Temperaturen stabil bleibt.