Am besten mit dem 'offiziellen' SD Card Formatter der SD Association formatieren. Den gibt es dort zum kostenlosen download für alle Betriebssysteme.
Als hilfreich hat sich auch erwiesen, die SD Karte vor dem Aufspielen neuer Kartendaten einem Quick Format zu unterziehen. Das einfache drüberkopieren der neuen Daten hat bei mir auch zum nicht-erkennen der SD Karte im Fahrzeug geführt.
